Los frescos por encima de la galería detrás del cruce en la nave de la Iglesia superior muestran el estilo inconfundible de Jacopo Torriti que fue elegido por el Papa Nicolás IV para la decoración del mosaico de las tribunas apsidal de San Giovanni Laterano (1291) y Santa María Maggiore (1296) en Roma. Los frescos en Asís son anteriores a los mosaicos romanos, como se desprende de su enfoque más antiguo de la representación del espacio. El programa decorativo en la nave consiste en el ciclo fresco Leyenda de San Francisco pintada por Giotto bajo la galería en la parte inferior de la pared, y episodios del Antiguo Testamento sobre la galería en el clerario en la pared norte, y episodios del Nuevo Testamento en la pared sur. Algunas de estas escenas, así como la bóveda con la Deesis, fueron pintadas por Torriti y sus asistentes. La imagen muestra la decoración en la pared norte (a la derecha de la entrada).